Kurzfassung

Die Methylierung spezieller Regionen des Genoms (sog. CpG islands) wird als Mechanismus zur Genregulation diskutiert. Ziel des Projekts ist die Identifikation von CpG islands, bei denen es Evidenz für einen solchen Effekt gibt. Hierzu wird ein in-silico Screening durchgeführt, welches die sämtlichen öffentlich verfügbaren Daten zur Methylierung von CpG islands und öffentlich verfügbare Genexpressionsdaten integriert. Indikatoren für eine mögliche regulatorische Funktion eines CpG islands sind...Die Methylierung spezieller Regionen des Genoms (sog. CpG islands) wird als Mechanismus zur Genregulation diskutiert. Ziel des Projekts ist die Identifikation von CpG islands, bei denen es Evidenz für einen solchen Effekt gibt. Hierzu wird ein in-silico Screening durchgeführt, welches die sämtlichen öffentlich verfügbaren Daten zur Methylierung von CpG islands und öffentlich verfügbare Genexpressionsdaten integriert. Indikatoren für eine mögliche regulatorische Funktion eines CpG islands sind dessen variabler Methylierungsstatus, sowie eine Menge nachgeschalteter Gene, welche korreliertes Expressionsverhalten zeigen. Auf Grund der spärlichen Datenlage bei der CpG island Methylierung ist man auf präzise sequenzbasierte Algorithmen zur Vorhersage des Methylierungsstatus angewiesen. Es kommen neuartige, sog. semi-supervidierte Vorhersageverfahren zum Einsatz. Am Ende steht eine Kandidatenliste von CpG islands mit regulatorischer Funktion, die nachfolgend experimentell validiert werden soll.» weiterlesen» einklappen