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Entwicklung einer innovativen Methode zur Diagnostik von C. difficile

Laufzeit: 01.01.2005 - 31.12.2007

Kurzfassung


CdISt1 ist ein Gruppe I Intron mit auffällig komplexer Struktur, das typische Merkmale von zwei genetischen Elementen aufweist. Während man innerhalb der ersten 434 Nukleotide konservierte Sequenzen findet, die die charakteristische Sekundärstrukturen (P1-P9) eines katalytischen Kerns von Gruppe I Introns ausbilden können, enthalten die 1541nt des 3-Bereich (nt 435 - 1975) zwei ORFs (tlpA und tlpB), die für Transposase-ähnliche Proteine kodieren. Zu TlpA und TlpB homologe Transposasen...CdISt1 ist ein Gruppe I Intron mit auffällig komplexer Struktur, das typische Merkmale von zwei genetischen Elementen aufweist. Während man innerhalb der ersten 434 Nukleotide konservierte Sequenzen findet, die die charakteristische Sekundärstrukturen (P1-P9) eines katalytischen Kerns von Gruppe I Introns ausbilden können, enthalten die 1541nt des 3´-Bereich (nt 435 - 1975) zwei ORFs (tlpA und tlpB), die für Transposase-ähnliche Proteine kodieren. Zu TlpA und TlpB homologe Transposasen charakterisieren Insertionselemente der IS605 Familie. CdISt1 wurde ursprünglich im Toxin A Gen des C. difficile Isolats C-34 entdeckt. Anschließend konnten 12 weitere, zum Teil voneinander zu unterscheidende Kopien im Genom des C. difficile Isolates C34 identifiziert werden. Die Analyse dieser CdISt1 Kopien führte zur Identifizierung mehrerer unterschiedlicher CdISt1-Typen. Die Typen besitzen alle hoch homologe Intron-Komponenten, unterscheiden sich aber in ihren IS-Element-Anteilen. In allen bisher untersuchten C. difficile Isolaten - unabhängig davon ob diese toxinogen oder atoxinogen sind - konnte das neuartige genetische Element CdISt1 nachgewiesen werden. In anderen Bakterien Spezies, z.B. Clostridium sordellii, Clostridium novyi oder Clostridium botulinum wurde CdISt1 dagegen nicht identifiziert. CdISt1 ist spezifisch für Clostridium difficile und eignet sich damit hervorragend für die Diagnose dieses pathogenen Erregers. Dies gilt insbesondere, da von uns durchgeführte Analysen gezeigt haben, daß CdISt1 in allen bisher untersuchten C. difficile Isolaten (i) in unterschiedlicher Kopienanzahl, (ii) mit einem unterschiedlichen Muster an CdISt1 Typen und (iii) in unterschiedlichen Integrationsstellen zu finden sind. Die „CdISt1 Signatur“, die sich aus der Kopienanzahl, dem Typenmuster und den Integrationsstellen zusammensetzt, ist nach unserem derzeitgem Forschungsstand spezifisch für jeden einzelnen C. difficile Stamm. Der Schwerpunkt dieses Forschungsprojektes liegt in der Entwicklung einer Methodik, mit der die CdISt1 Signatur von C. difficile Stämmen routinemäßig sichtbar gemacht werden kann. Mit dieser Methode werden sowohl diagnostische als auch epidemiologische Untersucheung durchgeführt werden können.» weiterlesen» einklappen

Beteiligte Einrichtungen